Университет Рокфеллера »Оборудование

1. Микроскопы (комната DWB 201, 202 и 203) Современное оборудование в световом микроскопе включает в...
2. Дополнительное лабораторное оборудование для визуализации живых клеток

Микроскопы (комната DWB 201, 202 и 203)

Современное оборудование в световом микроскопе включает в себя:

1. Широкополосный флуоресцентный / светлопольный / DIC-микроскоп (Zeiss) - «Edwina»
   • Микроскоп Axioplan 2 для визуализации в вертикальном положении
   • Широкий спектр задач
   • Наборы фильтров для DAPI, CFP, GFP, AF 488, YFP, Texas Red, Cy5
   • Яркое поле и дифференциальный интерференционный контраст (DIC)
   • Цветная цифровая камера Spot Insight QE для съемки в светлых полях (и флуоресценции) или черно-белая цифровая камера Hamamatsu Orca ER для чувствительной флуоресцентной съемки
   • Камера CRI Nuance для спектрального размешивания
   • Моторизованный Z-привод
   • Программное обеспечение для приобретения MetaVue (Molecular Devices)
2. Инвертированный флуоресцентный микроскоп для проверки уровней экспрессии флуоресцентного белка в клетках культуры ткани (Nikon)
   • Инвертированный микроскоп Nikon Eclipse TS100
   • Наборы фильтров для GFP + DsRed или CFP + YFP
   • Фазовый контраст
3. Инвертированный микроскоп для длительной покадровой, флуоресцентной и фазово-контрастной визуализации клеток или эмбрионов (Olympus) - «Wendolene»
   Клетки дрожжей помечены для актина (зеленый), Cln2 (красный) и ядер (синий). Изображения были сняты и деконволюции с помощью микроскопа для восстановления изображений DeltaVision, что позволило выявить тонкие структуры внутри этих маленьких клеток. Мэри Миллер и Фредерик Кросс (Университет Рокфеллера)
   • Инвертированный микроскоп Olympus IX71 с фазово-контрастной оптикой
   • Объективы 10x, 20x, 40x, 63x и 100x, некоторые подходят для использования с пластиковыми, а также стеклянными тарелками / тарелками
   • Наборы фильтров для DAPI, CFP, GFP, YFP, RFP и Cy5
   • Вращающаяся дисковая головка Olympus DSU для оптического сечения
   • Uniblitz жалюзи
   • Цифровая фотокамера Hamamatsu Orca ER B / W и цветная цифровая камера QI Click
   • Предварительная пьезостадия XYZ (перемещение по 200 микрон по z) для посещения нескольких точек во время съемок с замедленной съемкой
   • Программное обеспечение для приобретения MetaMorph (включает MDA)
   • Научная экологическая камера Солент для регулирования температуры
4. Микроскоп для восстановления изображений DeltaVision (Applied Precision) - «Уоллес»
   • Инвертированный микроскоп Olympus IX-70
   • 40x, 60x и 100x масляных объективов, 60x водных объективов, 60x силиконовых масляных объективов, 20x сухих объективов, плюс 1.5x optovar
   • Наборы фильтров для DAPI, CFP, GFP / FITC, YFP, Rhodamine, AlexaFluor 594 / mCherry и Cy5
   • DIC
   • Отдельные колеса фильтра возбуждения и выброса (необходимо для FRET)
   • камера pco.edge sCOS
   • Чрезвычайно точная сцена, позволяющая многократное посещение и сшивание изображения
   • Лазерный модуль 410, 488 и 532 (QLM) для исследований FRAP и фотоактивации
   • Insight SSI 7 цветная система твердотельного освещения
   • Визуализация живых клеток
   • количественный
   • Келер и критическое освещение
   • Деконволюция с использованием измеренных PSF
   • Камеры с подогревом Warner Instruments и Bioptechs
5. 2-й микроскоп для восстановления изображений DeltaVision (Applied Precision) - «Тотти»
   • Все функции вышеуказанной системы, включая новый модуль FRAP / фотоактивации с лазерами 405 и 488
   • «Ultimate Focus» - аппаратная система автофокусировки для долгосрочной съемки с замедленной съемкой без смещения фокуса
   • Экологическая камера метеостанции - может быть настроена на температуру от температуры окружающей среды до 37 ° C
6. Конфокальный микроскоп с вращающимся диском для визуализации живых клеток в реальном времени (Zeiss / Perkin-Elmer) - «Банти»
   Контуры клеток у эмбрионов дрозофилы, обозначенные маркерами соединения адгезивов. Изображения собирали с использованием конфокального микроскопа Zeiss LSM 510.
   Бенджамин Беттнер и Ульрике Галл (Университет Рокфеллера)
   • Инвертированный микроскоп Zeiss Axiovert 200
   • Широкий спектр задач для погружения в воду и масло
   • Сверхбыстрый переключатель длины волны Sutter DG4 и колесо фильтра эмиссии Sutter для быстрой многоцветной визуализации в режиме широкого поля (с использованием камеры на базовом порте)
   • Конфокальная головка вращающегося диска Perkin-Elmer UltraView на боковом порте для конфокальной визуализации в реальном времени
   • Твердотельные лазеры 443, 491, 523, 561 и 644 для возбуждения (Spectral Applied)
   • Photonics Instruments Цифровая мозаичная система с лазером 405 нм для проведения ROI FRAP и фотоактивации;
   • Выбор камеры Hamamatsu Flash 4.0 sCMOS или камеры Andor iXon 512 × 512 EMCCD для получения изображений с высоким разрешением или высокой чувствительностью / скоростью
   • Предварительная пьезостадия XYZ для посещения нескольких точек во время приобретений с замедленной съемкой
   • Получение изображения выполняется с помощью программного обеспечения MetaMorph.
   • Система микроинъекции Eppendorf
   • Научная экологическая камера Solent Scientific для контроля температуры и CO2
   • Камера Warner Instruments, управляемая Пельтье, для пьезо-вставки, позволяющая быстро менять температуру
7. Инвертированный лазерный сканирующий конфокальный и многофотонный микроскоп LSM 880 NLO (Zeiss) - «Rocky II»
   • Инвертированный микроскоп Zeiss Axio Observer Z1
   • Лазерные линии 405 нм, 458, 488, 514, 561 и 633
   • NIR-лазер Chameleon Ultra II полностью настраивается в диапазоне от 690 до 1040 нм
   • GaAsP детектор для чувствительной конфокальной визуализации
   • BiG.2 NDD детектор для многофотонной визуализации
   • XY моторизованная сцена для плиточного и многопунктового посещения
   • Широкий спектр задач для погружения в воду и масло
   • Одновременная 3-канальная флуоресцентная и DIC-визуализация
   • FRAP и FRET модули
   • Конфокальное стереологическое программное обеспечение (Visiopharm)
   • Нагревательная камера Warner Instruments или лабораторный инкубатор OKO для температуры и среды, контролируемой CO2
8. Инвертированный лазерный сканирующий конфокальный микроскоп LSM 780 (Zeiss) - « Technotrousers »
   • Инвертированный микроскоп Zeiss Axio Observer Z1 с четкой фокусировкой
   • Лазерные линии 405, 440, 488, 514, 561, 594 и 633
   • 34 спектральных канала обнаружения с помощью GaAsP-детектора плюс два PMT
   • Программное обеспечение флуоресцентной корреляционной спектроскопии (FCS)
   • Широкий спектр задач для погружения в воду и масло
   • Стадия пьезо сканирования для расширенных возможностей укладки плитки
   • FRET и FRAP модули
   • Stage-top инкубатор для контроля тепла и CO2
9. Инвертированный лазерный сканирующий конфокальный микроскоп TCS SP8 (Leica) - « Ира »
   • Инвертированный микроскоп Leica DMI 6000
   • Полностью перестраиваемый лазер белого света (470-670 нм) с AOBS, плюс лазеры 405 нм и 442 нм
   • Три закрытых детектора HyD плюс один детектор PMT
   • Обычный сканер и Резонансный сканер
   • Стадия Super-Z для быстрой укладки плитки
   • Широкий выбор объективов для погружения в воду и масло, включая объектив для воды PlanApo 40x / 1.10 NA с моторизованным корректирующим кольцом и погружным микро-дозатором
   • Экологическая камера для контроля температуры и CO2
10. FV1000MPE Двойная вертикальная многофотонная система (Olympus) - «Филипп»
    • Когерентный ИК-лазер Chameleon Vision II со встроенной компенсацией дисперсии и широким диапазоном настройки от 680 до 1080 нм
    • Когерентный XR-лазер Chameleon с диапазоном настройки 720-950 нм для стимуляции МП
    • Olympus BX61 вертикальный микроскоп
    • Возможность одновременной МР визуализации и МР / видимой стимуляции
    • Видимый лазер 473 нм для визуализации или стимуляции
    • 405 нм лазер для видимой стимуляции
    • Диапазон объективов, в том числе объектив плана 25x / 1,05 NA, оптимизированный для инфракрасного излучения с длиной волны и глубокой визуализации тканей
    • Широкий ассортимент наборов фильтров
    • Предварительная моторизованная стадия для многократного посещения
    • Система ингаляционной анестезии (VetEquip) для долгосрочной визуализации в реальном времени
    • Нагревательная пластина Biostage 600 (технология 20-20)
    • Камера Olympus DP-20 для точного повторения позиционирования живого образца
11. Система STORM / TIRF (Nikon) с широким полем FLIM и TIRF-FLIM - «Пиелла»
    • Инвертированный микроскоп Nikon TiE с механизмом Perfect Focus
    • Лазерные линии 405, 488, 561 и 647 нм для STORM и TIRF
    • Возможности 2D и 3D STORM
    • Модуль LIFA в частотной области Lambert Instruments для флуоресцентной визуализации продолжительности жизни (FLIM), либо в широкополосном (LED), либо в лазерном (TIRF) режиме (лазеры 445 и 514 нм);
    • Photonics Instruments Micropoint лазер для фотоабляции / отбеливания / активации
    • DG5 для широкоугольного освещения
    • Пьезо x, y, z этап
    • Andor DU-897 EMCCD камера
    • Andor Neo sCMOS камера
    • Токай Хит экологическая палата
    • Широкий спектр объективов, пригодных для широкоугольной микроскопии и микроскопии TIRF
    • Контролируется программой сбора данных Elements (Nikon)
12. Микроскоп сверхвысокого разрешения OMX Blaze 3D-SIM (Applied Precision) - «Преподобный Хеджес»
    • 405, 445, 488, 514, 568 лазеров для 3D-изображений с супер-разрешением
    • 6-строчный модуль SSI для сверхбыстрого обычного изображения
    • Масляный объектив 100x / 1.40 NA UPLSAPO (Олимп)
    • Три камеры Evolve EMCCD (Фотометрия) для одновременного или последовательного захвата
    • Нагревательная камера для визуализации живых клеток
13. Инкубационный микроскоп LCV110 «VivaView» (Olympus) - «Пушистики»
    • 37-градусный инкубаторный микроскоп для многодневной визуализации до восьми 35-миллиметровых блюд одновременно
    • 5% CO2-инкубатор
    • Контроль O2 для исследований гипоксии
    • Многоцветная, многопозиционная, многослойная визуализация
    • Фильтрующие кубы для CFP, GFP, YFP, mCherry, TagRFP657
    • 20-кратный объектив DIC с 0,5-кратным и 2-кратным увеличителями
    • Управляется программным обеспечением MetaMorph
14. Система лазерной микродиссекции (MMI) - «Сэди»
    • Система MMI CellCut, оснащенная твердотельным лазером 355 нм
    • Обычные светлые и флуоресцентные модули (для DAPI, CFP, GFP, YFP и RFP)
    • Бесконтактная диссекция из образцов парафина, образцов крио, мазков и клеточных культур
    • Совместим с микродиссекцией живых клеток в стерильных условиях
    • 4x, 10x, 20x, 40x, 60x и 100x целей
15. Ультрамикроскоп (LaVision BioTec) - « Полли »
    • Световая подсветка листа
    • Стойка для микроскопа Olympus с 2-кратным / 0,5 объектива MVPLAPO
    • 445, 488, 561, 640 и 785 нм лазеры
    • Andor Neo sCMOS камера
    • Для использования с фиксированными и очищенными образцами или прозрачными живыми образцами
16. CellVoyager (Yokagawa / Olympus) - « HMSBeagle »
    • Конфокальная система вращающегося диска
    • Два диска с разными размерами отверстий или широкоугольной подсветкой
    • 445, 488 и 561 нм лазеры
    • Камера Hamamatsu 512 x 512 EMCCD
    • 10x и 20x сухих объективов, 30x, 40x и 60s силиконовых масел
    • Температура инкубации от 18 до 40 ° C, CO2 дополнительно

Рабочие станции и программное обеспечение для обработки изображений

Живой эмбрион Xenopus с трансгенным зеленым флуоресцентным маркером для нервной системы и красным флуоресцентным контрастным пятном, маркирующим кровеносные сосуды. Стопку изображений собирали с использованием конфокального микроскопа Zeiss LSM 510, а трехмерную реконструкцию выполняли с использованием программного обеспечения Imaris от Bitplane.
Ариэль Левин, Элисон Норт и Али Хеммати-Бриванлоу (Университет Рокфеллера)

Высокопроизводительные рабочие станции и серверы Windows ( «QueenVic» , « CharlesDarwin» , «Bobo» , «Cooker» и «Fetcher» ) и Linux ( «Gromit» ) доступны для обработки и анализа полученных изображений, включая 64-разрядные -процессорные системы с объемом памяти до 196 ГБ для обработки больших многомерных наборов данных с использованием 64-битных программных пакетов («QueenVic» и «CharlesDarwin» ). Доступное программное обеспечение включает в себя:

• Программное обеспечение для деконволюции «Huygens» и «Autoquant» (модули для деконволюции конфокальных, вращающихся дисков или многофотонных данных);
• «МетаМорф» (Universal Imaging) (подсчет клеток, отслеживание, измерения, кимографы);
• «Imaris», «Surpass» и «FilamentTracer» (Битовая плоскость) (рендеринг объема в 3D и 4D, рендеринг поверхности, измерения, колокализация, плоскости отсечения, 4D отслеживание, отслеживание филамента);
• «Arivis» Vision4D для интерактивного 3D / 4D рендеринга и анализа больших наборов данных;
• Станция виртуальной реальности InViewR «Аривис» для лазания в ваших наборах трехмерных данных;
• «FIJI» / «Image J» (свободно загружаемое программное обеспечение) *;
• «SoftWoRx» (Applied Precision / DeltaVision) (деконволюция, рендеринг объема, рендеринг поверхности, количественная оценка);
• Конфокальное программное обеспечение «Zen» (Zeiss) и программное обеспечение Leica «LAS-AF» (проекции, фильмы, измерения ROI, профили интенсивности)

Рабочая станция Linux «Gromit» предназначена для деконволюции и обработки изображений, собранных на микроскопах DeltaVision и OMX.

Всем пользователям рекомендуется сохранять свои данные непосредственно в своей папке на сервере биоизображения, готовом к обработке на рабочих станциях. Это освобождает микроскопы для получения изображений другими пользователями. Чтобы поощрить это, плата за время на рабочих станциях значительно ниже, чем плата за микроскоп. Доступ к данным на сервере можно получить непосредственно с лабораторных компьютеров пользователя или их можно скопировать на внешние жесткие диски (пользователи несут ответственность за использование своих собственных дисков).

* Чтобы бесплатно установить «Image J» на свой компьютер, нажмите на следующие два веб-сайта:
http://rsbweb.nih.gov/ij
http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html

Дополнительное лабораторное оборудование для визуализации живых клеток

В общей лабораторной зоне присутствуют два инкубатора для клеточных культур, один с CO2, а другой - без (для клеток в среде, не зависящей от CO2). Их можно использовать для временного хранения образцов во время экспериментов по визуализации живых клеток. Шкаф биологической безопасности класса II также доступен для использования. Обратите внимание, что центр не предназначен для размещения инфекционных, радиоактивных или других опасных образцов. Если у вас есть какие-либо сомнения относительно пригодности ваших образцов для визуализации живых клеток в центре, пожалуйста, свяжитесь с Элисон. Любой, кто проводит несанкционированные эксперименты, которые ставят под угрозу здоровье других пользователей, будет лишен возможности дальнейшего использования центра .

Похожие